問題は、単元ごとに用意されており、各単元にはレベルが設定されています。

例：たし算レベル１・たし算レベル２・…など

どの生徒も、各単元のレベル１から問題を解いていきます。
きちんと理解していないと、先のレベルに進めません。
正解率が低いと、レベルが下がったり、同じレベルの問題を再度解くことになります。

　下のレベルまたは前回と同じレベルの問題を再度解く場合、出題される問題は変わります。

最後のレベルまで解くとその単元の学習は完了です。
最後にテスト（これも学習ソフトで行います）を行い、その単元が定着しているかを確認します。
合格点に達すれば、その単元は完了です。次の単元へと進みます。

近年では、授業時間が以前よりも少なくなったことで基礎学力の低下が伝えられております。
わからない箇所をそのまま放置しておくと後々大きな穴となり、成績の上昇は望めません。
そこでペガサスではその学力の穴を埋めるべく、わからない問題があれば、わかるところまで戻り わかるようになるまで徹底して繰り返し勉強します。

ペガサスではパソコンを用いたコンピュータ学習と、ノート学習を併用した学習方法を採用しています。
コンピュータの特性を活かして、画像・映像・音声を最大限駆使し、 更にノート学習により実際に書くことによって、より効果的に学力を定着させることができるのです。
ただ単に読んで覚えるよりも、何度も繰り返しノートに記述した方がよく暗記できたという経験があるかと思います。
これはまさにその通りで、色々な感覚（読み・聴き・話し・書き）を駆使することで、学習効果はよりあがるのです。

私どもはどの子供にも学力の差はないと考えています。
それでは何故成績に違いがあるのかと疑問になられると思います。
それは学力が低い子共たちは勉強ができないのではなく、勉強の仕方がわからないからなのです。 勉強の仕方さえわかれば、子供たちはどんどん学力が身につきます。 そして勉強が好きになります。
『好きこそものの上手なれ』ということわざもあるように、やはり自分が好きだ・やりたいという気持ちがなければ、学力の上昇は望めません。
そこでペガサスでは、自分で問題を解決できるよう自立学習を取り入れております。